Det oplyser anklagemyndigheden ifølge nyhedsbureauet AFP.
De to dræbte er svenskere, bekræfter politiet til avisen HLN ifølge det svenske nyhedsbureau TT.
Mindst en af personerne, som er blevet skudt, skal have haft en svensk landsholdstrøje på ifølge det lokale medie Sudinfo La Capitale, som viser billeder fra området.
Ud over de to drab meldes flere personer sårede som følge af angrebet.
Episoden har fundet sted på Place Sainctelette kort efter klokken 19 ifølge politikilder.
En mand, iført en orange jakke, åbnede ild og råbte angiveligt “allahu akbar”, da han steg af sin scooter og skød i flere retninger.
Det skal ifølge det lokale medie været sket med en automatisk riffel.
Mediet skriver desuden, at manden efterfølgende flygtede fra stedet på sin scooter.
EM-kvalifikationskampen gik i gang klokken 20.45, hvilket var den planlagte tid.
Det Svenske Fodboldforbunds sikkerhedsansvarlige, Martin Fredman, siger ifølge TT, at skyderiet kræver opmærksomhed fra de svenskere, der er i Bruxelles for at se kampen.
– Man vil ikke have, at svenskere går ud i byen lige nu, siger han.
Ifølge AFP oplyser en talskvinde for anklagemyndigheden, at en efterforskning af sagen nu er påbegyndt, og at det efterforskes som en terrorsag.
Det svenske udenrigsministerium siger til det svenske medie SVT, at man har tager mediernes oplysninger om sagen til efterretning, og at man også her undersøger sagen.
Politiet har efter skyderiet afspærret området af Molenbeek.
Molenbeek er en kommune med mange personer med indvandrer-baggrund, og den har også tidligere været i medierne.
Den var blandt involveret i sagen om terrorangrebene i Paris i november 2015, da flere af gerningsmændene bag stammede derfra.
/ritzau/
Andre læser også