Der er også fundet teknologiske redskaber, melder militæret.
Påstandene er ikke uafhængigt verificeret, og den militante palæstinensiske bevægelse Hamas har gentagne gange afvist at have et kommandocenter under hospitalet.
Det beskrives ikke umiddelbart præcist, hvad der menes med kommandocenter.
De israelske udtalelser kommer onsdag aften fra den israelske militærtalsmand Daniel Hagari.
Han siger, at militæret fortsat opererer i hospitalskomplekset.
– I hospitalet fandt vi våben, materialer til efterretningsarbejde og militær teknologi samt militært udstyr, siger Hagari ifølge nyhedsbureauet AFP.
– Vi fandt også et operationelt hovedkvarter med kommunikationsudstyr, fortsætter han og hævder, at det tilhører Hamas.
Israels hær har nogenlunde samtidig offentliggjort en video med pistoler, ammunition, granater og skudsikre veste, som ifølge Israel er fundet på hospitalet.
Al-Shifa er Gazas største hospital, og der har flere dage være kampe omkring det.
Onsdag trængte israelske soldater ind i hospitalet.
Israel har været under internationalt pres på grund af meldinger om en svær situation for civile og mange dødsfald på hospitalet.
Den israelske offensiv i og ved hospitalskomplekset er gentagne gange blev retfærdiggjort med påstande om, at Hamas har et hovedkvarter i tunneler under hospitalet.
Hamas har tidligere sagt, at 650 patienter og mellem 5000 og 7000 andre civile er fanget inde på al-Shifa-hospitalets område. Der er meldt om adskillige dødsfald.
/ritzau/
Andre læser også