Fulgence Kayishema har været på flugt siden 2001, skriver CNN.
Anholdelsen skete onsdag i samarbejde mellem sydafrikanske myndigheder og efterforskere fra FN.
Da han blev anholdt, benægtede han først sin identitet. Men efterfølgende sagde han til FN-holdet, at “jeg har ventet længe på at blive anholdt”.
Ifølge efterforskerne har Kayishema benyttet adskillige identiteter og falske dokumenter for at undgå at blive fanget.
– Fulgence Kayishema var på flugt i mere end 20 år. Hans anholdelse sikrer, at han endelig vil blive stillet for retten for de angivelige forbrydelser, siger chefanklager Serge Brammertz.
Han er fra FN-retsinstansen The International Residual Mechanism for Criminal Tribunal (IRMCT).
Blandt de 2000 tutsi-flygtninge var både mænd, kvinder og børn. De havde søgt tilflugt i en katolsk kirke i Nyange i den vestlige del af landet.
– Kayishema deltog direkte i planlægningen og udførslen af denne massakre, herunder ved at skaffe og fordele benzin til at brænde kirken med flygtningene i ned, lyder det i en udtalelse fra IRMCT.
– Da det ikke lykkedes, brugte Kayishema og andre en bulldozer til at vælte kirken, så flygtningene derinde blev begravet og dræbt.
– Derefter overvågede Kayishema og andre flytningen af ligene fra kirken ud i massegrave, skriver IRMCT.
Rwanda ligger i Østafrika. Landet er en tidligere tysk og siden belgisk koloni.
Rwanda var domineret af hutuer, der gjorde oprør i 1959 og massakrerede et stort antal mennesker fra tutsi-mindretallet.
I 1962 blev Rwanda et selvstændigt land.
Grupper af tutsier indledte et oprør mod hutu-flertallet i 1990. Urolighederne blev til en borgerkrig, der førte til folkedrab i 1994, hvor op mod en million tutsier og moderate hutuer blev slået ihjel.
I slutningen af juli 1994 flygtede Kayishema angiveligt til DR Congo med sin kone, børn og svoger.
Efterfølgende opholdt han sig i forskellige afrikanske lande, indtil han flyttede til Sydafrika i 1999 og søgte om asyl under et falsk navn, skriver CNN.
Han har ifølge anklagemyndigheden kunne holde sig under radaren i så mange år, fordi han har været omgivet af et stærkt netværk. De har gjort meget for at holde ham skjult, skriver CNN.
Fredag skal Fulgence Kayishema møde i retten i Sydafrika, mens det afventes, om han bliver udleveret til Rwanda, skriver nyhedsbureauet Reuters.
FN leder fortsat efter tre fremtrædende mistænkte efter folkedrabet.
/ritzau/
Andre læser også