To grupper soldater stødte sammen i hovedstaden Bissau torsdag aften, hvor mindst to blev dræbt og seks såret.
Urolighederne fortsatte fredag, hvor en af grupperne stormede en politistation og befriede en minister og en embedsmænd, der var fængslet på mistanke om korruption.
De blev senere anholdt igen.
Det er medlemmer af Nationalgarden og hærens specialstyrker, der stødte sammen.
Præsident Embaló var i Dubai til klimatopmødet COP28, men vendte hjem til Bissau lørdag.
– Denne handling vil få alvorlige konsekvenser, siger han ved hjemkomsten.
Guinea-Bissaus militær meddelte fredag, at urolighederne var overstået, og at de oprørske soldater var beordret tilbage til deres kaserner.
I Bissaus gader var der roligt lørdag. Men der var soldater udstationeret flere steder i byen, blandt andet ved præsidentpaladset og de bygninger, hvor ministerierne har hjemme.
Guinea-Bissau har haft flere kup og kupforsøg, siden landet blev uafhængigt af Portugal i 1974.
Embaló overlevede selv et kupforsøg i februar 2022.
Flere lande i Vestafrika har oplevet kup eller kupforsøg i de seneste år.
/ritzau/AFP
Andre læser også
