Det oplyser Sydkoreas hær til det sydkoreanske nyhedsbureau Yonhap.
Japans kystvagt meddeler også, at det, der blev affyret af Nordkorea, kan være et ballistisk missil.
Sydkoreas hær har ikke umiddelbart frigivet yderligere informationer om missilaffyringen.
Det japanske medie NHK skriver, at missilet tilsyneladende er landet uden for Japans eksklusive økonomiske zone.
En eksklusiv økonomisk zone omfatter havzonen omkring et land, hvor det givne land har suverænitet. Den strækker sig 200 sømil fra kysten.
Ifølge Yonhap er det et kortrækkende missil, som Nordkorea har affyret.
I øjeblikket er amerikanske og sydkoreanske styrker i gang med en 11 dage lang fælles militærøvelse, der har fået navnet “Freedom Shield 23”.
Det er den største militærøvelse mellem de to lande siden 2017.
Torsdag affyrede Nordkorea også et missil, der landede mellem Den Koreanske Halvø og Japan. Det formodes at være et interkontinentalt ballistisk missil.
Missilaffyringen skete, få timer før Sydkoreas præsident, Yoon Suk-yeol, fløj til Japan.
Præsidenten skulle til Tokyo for at deltage i et topmøde, hvor et af punkterne var, hvordan man kan imødegå Nordkorea, der har atomvåben.
Sydkoreas militær sagde om torsdagens missilaffyring, at der blev affyret mindst et missil.
Et interkontinentalt ballistisk missil er en type af missiler, der kan skydes helt ud i det yderste lag af Jordens atmosfære og lande mange tusinde kilometer fra affyringsstedet.
/ritzau/Reuters
Andre læser også