Det oplyser den mexicanske regering.
29 personer er kvæstet.
Centerets beboere kommer fra Mellem- og Sydamerika.
Ciudad Juarez ligger lige på grænsen til USA.
Branden opstod natten til tirsdag. Der er ikke nærmere oplysninger om årsagen.
Ifølge regeringens Nationale Migrationsinstitut befandt der sig 69 mænd inde i bygningen. Mange af beboerne kom fra Venezuela.
Branden, der er en af de mest dødelige i Mexico i årevis, er sket på et tidspunkt, hvor Mexico og USA melder om, at et rekordstort antal migranter forsøger at krydse grænsen.
Nogle af migranterne var blevet samlet op og tilbageholdt i migrantcenteret, efter at det lokale politi havde anholdt gadehandlere i området. En del af dem var udlændinge.
Vinagly, en 27-årig venezuelansk kvinde, er mødt op ved migrantcenteret for at høre nyt om hendes mand, der befandt sig inde i bygningen under branden.
– Han blev kørt væk i en ambulance, fortæller hun nyhedsbureauet AFP.
– De (Mexicos myndigheder red.) fortæller dig ingenting. Et familiemedlem kan dø, og de vil ikke fortælle dig, at han er død, fortæller hun grædende.
200.000 mennesker forsøger hver måned ulovligt at krydse grænsen til USA.
Mange af migranterne, der ønsker at søge asyl i USA, strander i Ciudad Juarez.
I et forsøg på at dæmme op for de mange grænseoverløbere foreslog USA’s præsident, Joe Biden, i februar nye restriktioner.
De vil betyde, at de migranter, der når frem til grænsen og uden tilladelse krydser den, ikke efterfølgende vil kunne søge om asyl i USA.
I stedet må de søge asyl i et af de lande, de passerer, før de når til USA.
Den republikanske opposition i USA beskylder præsidenten for at have mistet kontrollen over USA’s sydlige grænse.
/ritzau/Reuters
Andre læser også