Verdensmesteren havde fået plads i startelleveren, selv om han gik glip af to kampe for henholdsvis Argentina og Inter Miami i sidste uge på grund af udmatning.
Men han måtte lade sig udskifte efter blot 37 minutter ved stillingen 0-0 efter, hvad der omtales som en uspecificeret skade.
Alligevel vandt Inter Miami 4-0 over Toronto FC.
Facundo Farias, Benjamin Cremaschi scorede et mål hver, mens Robert Taylor sørgede for de sidste to.
Dermed er Inter Miami stadig med i kampen om at kunne indløse billet til slutspillet i amerikanske MLS.
Klubben har nu fem point op til 9.-pladsen, som indtages af DC United, der dog har spillet to kampe mere.
8.- og 9.-pladsen skal spille playoffkampe om at nå slutspillet.
Inter Miami har stadig ikke tabt med Messi på banen, siden han kom til klubben i juli.
Jordi Alba, der har spillet sammen med Messi i FC Barcelona, måtte også lade sig udskifte med en tilsyneladende skade efter 35 minutter.
Uden Messi på banen tabte Inter Miami i weekenden 2-5 til Atlanta United. Han gik desuden glip af sejren over Sporting KC og havde dermed ikke været i aktion siden 3-1-sejren over Los Angeles FC 4. september.
/ritzau/
Andre læser også
