Sejrscifrene lød på 7-5, 6-3.
Rune er syvendeseedet i turneringen, og han trådte dermed direkte ind i anden runde.
Amerikanske McDonald er verdens nummer 53 og født i Californien, hvor også Indian Wells afholdes. Han og Rune har aldrig tidligere mødt hinanden.
Holger Rune har i sæsonens første måneder givet flere prøver på topniveauet uden for at alvor at ramme det over en længere periode.
Ikke desto mindre er danskeren kravlet op på verdensranglistens ottendeplads. Det er hans højeste placering nogensinde.
Længere fremme i Indian Wells-turneringen står Rune til at kunne møde blandt andre italienske Jannik Sinner, der er seedet som nummer 11.
Lever spillerne op til seedningerne, venter fjerdeseedede amerikanske Taylor Fritz i kvartfinalen.
Fredag morgen dansk tid blev Holger Rune og det amerikanske talent Ben Shelton sendt ud af doubleturneringen i Indian Wells af et canadisk powerpar.
Rune og makkeren tabte 1-6, 3-6.
Indian Wells er en Masters 1000-turnering og dermed blandt de største og vigtigste turneringer i tenniskalenderen. Den anses som årets mest prestigefyldte ud over de fire grand slams.
Natten til søndag dansk tid gik også blandt andre tidligere verdensetter Andy Murray og den forsvarende mester, Taylor Fritz, videre til tredje runde ved Indian Wells.
Murray slog Radu Albot fra Moldova 6-4, 6-3, mens Fritz slog Ben Shelton 4-6, 6-4, 6-3.
Hos kvinderne levede verdens nummer et og topseedede Iga Swiatek i allerhøjeste grad op til favoritværdigheden, da hun bankede amerikanske Claire Liu 6-0, 6-1.
Imens slog briten Emma Raducanu den 20.-seedede polak Magda Linette ud af turneringen med cifrene 7-6(3), 6-2.
/ritzau/
Andre læser også