Det oplyser operatørerne kort efter midnat natten til søndag, skriver det tyske nyhedsbureau dpa.
De tre atomværker – Isar 2 i Bayern, Emsland i Niedersachsen og Neckarwestheim 2 i Baden-Württemberg – blev lukket ned sent lørdag.
Atomkraftværket Neckarwestheim 2 var det sidste, der blev lukket og slukket for.
Dermed er der sat punktum for landets produktion af atomenergi efter mere end 60 år.
– Det er slutningen på en æra, skriver energiselskabet RWE i en erklæring kort efter midnat ifølge nyhedsbureauet AFP.
Lukningen af de sidste atomkraftværker sker, selv om der i befolkningen og blandt klimaforskere har været stemning for at bevare den klimavenlige energikilde.
Mange andre vestlige lande har luftet idéen om atomkraft, netop fordi det ikke belaster klimaet. Men i Tyskland har frygten for en atomkatastrofe vægtet højere, og derfor er atomkraft nu fortid.
Tyskland har arbejdet på at lukke sine atomkraftværker siden 2002.
Den tidligere forbundskansler Angela Merkel satte yderligere skub i udfasningen som følge af en omfattende atomkraftulykke i japanske Fukushima i 2011.
Demonstranter imod atomkraft var lørdag på gaden i flere tyske byer for at markere lukningerne.
Miljøorganisationen Greenpeace havde sågar arrangeret en fest ved Brandenburger Tor i Berlin.
– Vi sætter en stopper for en farlig, uholdbar og dyr teknologi, siger medlem af Forbundsdagen for De Grønne Jürgen Trittin til AFP.
De Grønne, der er en del af regeringen, har kæmpet for at nedlægge atomkraftværkerne, siden partiet blev grundlagt.
Det er ifølge målinger nærmest kun partiets vælgere samt unge tyskere, der ønsker, at der nu bliver sagt farvel til atomkraft.
Atomkraftværkerne Isar 2, Emsland og Neckarwestheim 2 leverede kun seks procent af Tysklands energi sidste år.
/ritzau/
Andre læser også