Det siger guvernøren, Rodolphe Sorgho, ifølge nyhedsbureauet AFP.
Angrebet blev udført natten til torsdag og er et af de dødeligste i landet, siden militærlederen Ibrahim Traore i september tog magten via et militærkup.
De ansvarlige for angrebet på landsbyerne er ifølge guvernøren blevet uskadeliggjort af landets militær.
En anonym beboer i Kourakou fortæller AFP, at en stor gruppe af, hvad han kalder “terrorister”, kom farende ind i landsbyen sent torsdag aften.
– Vi hørte geværild hele natten lang. Fredag morgen kunne vi se, at der var dusinvis af døde, siger han.
Burkina Faso har i syv år været plaget af interne kampe med jihadister med forbindelser til al-Queda og Islamisk Stat.
I februar blev 51 soldater blev dræbt, da deres enhed blev lagt i baghold i den nordlige del af landet.
Det oplyste hæren dengang ifølge AFP.
Det skete, to dage før at Frankrig markerede afslutningen på dets militære operationer i Burkina Faso.
Over 400 franske specialsoldater blev i 2015 sendt til landet for at hjælpe med at nedkæmpe de mange netværk af islamistiske militærbevægelser.
Mere end en tredjedel af landet menes at være uden for regeringens kontrol. Frustrationer internt i hæren og den manglende sikkerhed udløste sidste år ikke mindre end to militærkup.
Siden Ibrahim Traore tog styringen i landet er alle politiske partier og foreninger i civilsamfundet ifølge AFP blevet suspenderet.
Der bor omkring 21 millioner mennesker i Burkina Faso.
/ritzau/
Andre læser også
