Kendelsen anses som en sejr for abortmodstandere, men den træder ikke i kraft før om en uge.
Det amerikanske justitsministerium har kort efter offentliggørelsen anket kendelsen.
Men dommer Matthew Kacsmaryk, der blev udpeget af den forhenværende præsident Donald Trump, er sikker i sin sag.
I kendelsen skriver han, at den amerikanske fødevare- og lægemiddelmyndighed, FDA, i sin godkendelse af lægemidlet har ignoreret risikoen, som ifølge ham er forbundet med mifepriston.
– Det er ikke hver dag, at retten sår tvivl om FDA’s beslutninger. Men i dette tilfælde har FDA tilsidesat sine oprigtige helbredsbekymringer, skriver Matthew Kacsmaryk.
FDA sagde i januar, at den amerikanske regering for første gang ville tillade salget af mifepriston i apoteker mod recept.
Lægemidlet var allerede delvist tilgængeligt, men kun i udvalgte apoteker og klinikker.
Det er godkendt til at fremtvinge abort inden for de første ti uger af en graviditet.
Det bruges i sammenhæng med lægemidlet misoprostol og står for mere end halvdelen af alle aborter i USA.
Det var fire anti-abortgrupper, som i november sagsøgte FDA og beskyldte myndigheden for at have brugt en fejlbarlig proces, da mifepriston i år 2000 blev godkendt.
Selv siger Joe Bidens regering, at lægemidlets godkendelse er velunderbygget af videnskaben.
Ved at rejse sagen i netop Amarillo var sagsøgerne sikre på at blive stillet foran Matthew Kacsmaryk, der er en konservativ, tidligere kristen aktivist.
Ngo’en Planned Parenthood, som kæmper for abortrettigheder og mindre restriktiv seksualundervisning i USA, kalder kendelsen for dybt skadelig.
– Kendelsen er en krænkelse og blotlægger udnyttelsen af vores retssystem til at begrænse abort landet over, siger præsident og administrerende direktør i Planned Parenthood Alexis McGill Johnson i en pressemeddelelse.
/ritzau/Reuters
Andre læser også