Det oplyser landets forsvarsministerium i en udtalelse omkring klokken 00.30.
Syv blev dræbt under kampene, mens fem døde i en ulykke på vej til at yde soldaterne forstærkning.
Angrebet fandt sted ved byen Kandadji, der ligger omkring 190 kilometer fra hovedstaden Niamey på grænsen til Mali og Burkina Faso.
Det er uklart, præcis hvem der står bag angrebet.
Grænseområdet har været epicentret for en række islamistiske oprør i Sahel-regionen i løbet af de seneste år.
Både al-Qaeda og Islamisk Stat er aktive i området og angriber jævnligt soldater og civile.
Forsvarsministeriet hævder, at omkring 100 oprørere blev dræbt i angrebet, mens deres motorcykler og våben blev ødelagt.
To anonyme kilder i det nigerske militær fortæller nyhedsbureauet AFP, at hæren slog tilbage mod oprørene med infanteri samt helikoptere.
Niger ledes af en militærjunta, der tog magten ved et kup i juli til dels på grund af utilfredshed med sikkerhedssituationen i landet.
Nabolandene Mali og Burkina Faso har hver været genstand for to kup i løbet af de seneste tre år.
Sikkerhedsanalytikere mener dog, at sikkerheden var forbedret under den afsatte præsident i Niger, Mohamed Bazoum, der havde prøvet at indlede en dialog med islamister og de landlige lokalsamfund, hvor de hører til.
Mindst 17 soldater blev dræbt i et andet angreb i det sydvestlige Niger i midten af august.
Søndag offentliggjorde Frankrig, at man har i sinde at trække sine 1500 soldater i Niger ud af landet før slutningen af i år.
Beslutningen kom efter pres fra militærjuntaen og flere demonstrationer mod den tidligere koloniherre.
/ritzau/AFP
Andre læser også
