Klubben skal lukke sydtribunen på sit stadion, Mestalla, i de kommende fem kampe, meddeler Det Spanske Fodboldforbund ifølge nyhedsbureauet Reuters.
Valencia har ti dage til at indgive en eventuel klage over afgørelsen.
Samtidig slipper Vinicius for at få karantæne, efter at han i kampens tillægstid pådrog sig et rødt kort.
Den brasilianske fodboldstjerne havde været offer for racisme, allerede da Real Madrid-spillerne gik ud af holdbussen foran stadion inden kampen. Racismen fortsatte inde på stadion.
Real Madrid anmeldte mandag tilråbene til politiet som en hadforbrydelse begået mod deres brasilianske stjerneangriber.
Valencia har meldt ud, at de fans, som er blevet hørt eller set råbe racistiske udsagn, vil få livstidskarantæne fra holdets hjemmekampe på Mestalla.
Tirsdag blev tre personer anholdt for racisme mod Vinicius.
Der er tale om tre unge mennesker, som menes at have råbt racistiske fornærmelser mod Vinicius.
Scenerne fra Mestalla i Valencia har ført til en ophedet debat om den fortsatte racisme i spansk fodbold, som især Vinicius Junior bliver udsat for.
Han kritiserede efter kampen La Liga for ikke at gøre noget ved problemet. Det fik La Liga-præsident Javier Tebas til at gå i rette med brasilianeren og slå fast, at La Liga gjorde meget for at komme problemet til livs.
Sagen har fået stor bevågenhed, og selv Fifa-præsident Gianni Infantino har været ude med støtte til den 22-årige Real Madrid-stjerne.
Tirsdag anholdt spansk politi også fire personer på baggrund af en episode i slutningen af januar med en dukke, der forestillede Vinicius, som blev hængt fra halsen ud over en bro i Madrid forud for Real Madrids pokalkamp mod lokalrivalen Atlético Madrid.
/ritzau/
Andre læser også
