Det oplyser London-klubben torsdag på sin hjemmeside.
Danskeren kom til Chelsea for tre år siden fra tyske Wolfsburg. Det var en handel, der på det tidspunkt blev benævnt som den største indenfor kvindefodbolden.
Den danske angriber har været blandt profilerne på Chelsea-holdet.
I 79 kampe for klubben er det blevet til 44 scoringer. Så sent som onsdag scorede Harder et af målene, da Chelsea slog West Ham 4-0 og strøg til tops i den bedste engelske række.
Chelsea-manager Emma Haye er fuld af lovord om den danske spiller, der nu er på vej væk.
– Pernille er en af de bedste offensive spillere i verden, og man ser alle hendes kvaliteter dag ud og dag ind.
– Hun har altid været drevet henimod succes for at nå til tops og hjælpe holdet med at vinde titler, siger Haye til klubbens hjemmeside.
Det er uvist, hvor den danske landsholdsspiller fortsætter karrieren.
Tidligere på torsdagen kom det frem, at Harders kæreste, svenske Magdalena Eriksson, også forlader Chelsea. Spørgsmålet er, om det dansk-svenske par vil fortsætte i den samme klub i næste sæson.
30-årige Harder fik sin debut på det danske landshold tilbage i 2009 og har i alt optrådt 140 gange for Danmark.
Her er det blevet til 70 mål for angriberen, der til sommer skal til VM i Australien og New Zealand med landsholdet.
Pernille Harder er i foråret vendt tilbage efter en fem måneder lang skadespause. Selv om der har været tvivl om hendes forfatning frem mod VM, er danskeren vendt stærkt tilbage.
/ritzau/
Andre læser også